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Die Stauferkaiser versuchten, besonders durch Burgenbau, die immer stärker um sich greifende weltliche Macht des Klerus einzudämmen. Auch der Vorläufer der Mildenburg war eine kaiserliche Zollburg, die den Verkehr auf dem Main und die in Bürgstadt auf den Main treffende Geleitstraße kontrollierte.

Eine Notsituation im Kaiserhaus nutzend, ermächtigte im Jahr 1220 per Urkunde die Bischöfe zu unumschränkten Landesherren. So konnte Mainz die Zollburg in ihren Besitz bringen und in ihren Mantelmauern die Stadt Miltenberg gründen, die bald zum neuen Mainzischen Verwaltungszentrum wurde. Dabei leitete Mainz die bisher durch Bürgstadt führende Geleitstraße bereits in Eichenbühl auf die andere Erfseite um, die nun direkt durch die Mauern der neu gegründeten Stadt führte.

Bürgstadt hatte das Nachsehen und büßte seine Vormachtstellung ein. Lediglich der Sitz des Centgrafen blieb noch viele Jahrhunderte in Bürgstadt. Auch die Kirche von Miltenberg blieb noch lange der Oberpfarrei Bürgstadt unterstellt. Die 1347 ausgestellte Ablassurkunde beweist noch die damalige Bedeutung dieser Pfarrei.